Veterinarsko javno zdravstvo obsega naslednje osnovne naloge:

• pripravlja osnutke evropske in nacionalne veterinarske zakonodaje s področja proizvodnje in oddaje na trg živil živalskega izvora;
• pripravlja navodila delavcem VURS in veterinarskim organizacijam v zvezi z varstvom potrošnikov živil živalskega izvora;
• pripravlja programe sistematičnega nadzora v proizvodnji živil živalskega izvora;
• vodi postopke za odobritev živilskih obratov za proizvodnjo živil živalskega izvora, ki lahko brez omejitev trgujejo na teritoriju EU;
• vodi in objavlja register obratov za proizvodnjo živil živalskega izvora, ki lahko brez omejitev trgujejo na teritoriju EU;
• sodeluje pri projektiranju in graditvi živilskih obratov, ki morajo biti odobreni po zakonu o veterinarstvu;
• sodeluje in soodloča v organih Evropske skupnosti na področju varstva potrošnikov, zdravstvenega varstva živali ter zaščite živali;
• organizira izobraževanje za veterinarje in nosilce dejavnosti v živilskih obratih za proizvodnjo živil živalskega izvora;
• sodeluje z resornim ministrstvom in ostalimi ministrstvi ter službami, na področju varstva potrošnikov živil;

Diagnostika obsega naslednje osnovne naloge:

• pripravo letnega načrta monitoringa prepovednih in nedovoljenih substanc ter rezidua, koordinacijo izvajanja programa in pripravo letnega poročila; 
• pripravo in koordinacijo monitoringa prepovednih in nedovoljenih substanc ter rezidua na mejnih veterinarskih postajah;
• pripravo in koordinacijo izvajanja Programa monitoringa zoonoz in njihovih povzročiteljev ter priprava delnih in končnih poročil;
• priprava in koordinacija izvajanja Obveznih programov, na podlagi ciljev Skupnosti, za zmanjšanje razširjenosti posameznih povzročiteljev zoonoz;
• koordinacija izvajanja usklajenih programov Skupnosti za ugotavljanje razširjenosti določenih povzročiteljev zoonoz ter priprava končnih poročil;
• vodenje postopkov pri odobritvah in imenovanjih laboratorijev, ki opravljajo laboratorijske analize za potrebe uradnega veterinarskega nadzora;
• vodenje postopkov za določitev Nacionalnih referenčnih laboratorijev;
• sodelovanje pri pripravi Evropske in nacionalne zakonodaje s področja zoonoz in rezidua;
• sodelovanje z Ministrstvom za kmetijstvo, gozdarstvo in prehrano in ostalimi ministrstvi in službami;
• sodelovanje v mednarodnih organizacijah na svojem delavnem področju (npr. EFSA) 
• sodelovanje pri mednarodnih projektih;

Letni načrt monitoringa prepovedanih in nedovoljenih substanc ter rezidua, se izvaja z namenom odkrivanja kakršnekoli nezakonite uporabe snovi in pripravkov, kontrole skladnosti ostankov zdravil za uporabo v veterinarski medicini z zgornjimi mejnimi vrednostmi ostankov ki jih določajo nacionalni predpisi ali predpisi Skupnosti,nadzora in odkrivanja vzrokov ostankov v živilih živalskega izvora.

Krovna predpisa za pripravo in izvajanje letnega načrta monitoringa sta Zakona o veterinarskih merilih skladnosti (Ur.l. RS, št. 93/05) in Pravilnik o ukrepih monitoringa določenih snovi in njihovih ostankov v živih živalih in živalskih proizvodih (Ur.l. RS, št. 15/04).

Sistematičen nadzor nad povzročitelji zoonoz se izvaja z namenom sistematičnega zbiranja, spremljanja, analiziranja in posredovanja podatkov o pojavu zoonoz, njihovih povzročiteljev in s tem povezane protimikrobne odpornosti. Program monitoringa se izvaja v vseh fazah živilske verige oziroma poteka v tisti fazi ali fazah, kjer se lahko pridobi največ ustreznih podatkov glede določene zoonoze ali njenega povzročitelja.

Krovna predpisa, ki urejata sistematičen nadzor nad povzročitelji zoonoz sta Zakona o veterinarskih merilih skladnosti (Ur.l. RS, št. 93/05) in Pravilnik o monitoringu zoonoz in povzročiteljev zoonoz (Ur.l. RS, št. 67/04)

Usklajeni programi Skupnosti pa se izvajajo z namenom pridobitve primerljivih podatkov o razširjenosti posameznih povzročiteljev zoonoz v državah članicah EU. Na podlagi analize zbranih podatkov pa se nato predpišejo obvezni programi, ki se izvajajo v vseh državah članicah za zmanjšanje razširjenosti posameznih povzročiteljev zoonoz.

Usklajeni programi Skupnosti pa se izvajajo na podlagi Odločb Evropske Komisije in Tehničnih specifikacij.