Sektor za mednarodne zadeve pokriva naslednja delovna področja:

1. Pogoje uvoza iz tretjih držav - nečlanic EU
2. Pogoje trgovanja med državami članicami
3. Priprava pogojev za uvoz in trgovanje na področjih, ki niso popolnoma harmonizirana na ravni EU veterinarske zakonodaje
4. Živalski stranski proizvodi, ki niso namenjeni prehrani ljudi
5. Mednarodni sporazumi na področju veterinarstva

Delo vključuje:

• pripravo nacionalne veterinarske zakonodaje in spremljanje ter sodelovanje pri pripravi veterinarske zakonodaje na vseh delovnih področjih na nivoju Skupnosti
• pripravo navodil in obveščanje Mejnih veterinarskih postaj (MVP) in Območnih uradov (OU) VURS za delo na terenu
• pripravo predpisanih veterinarskih spričeval in drugih veterinarskih dokumentov za pretok blaga znotraj EU, pri vnosu oz. uvozu ter priprava spričeval za izvoz v tretje države, ter usklajevanje pogojev izvoza s tretjimi državami 
• pripravo pogojev za uvoz neharmoniziranih živali in proizvodov

Poleg naštetega Sektor za mednarodne zadeve sodeluje z delovnimi telesi EU, pristojnimi veterinarskimi organi držav članic EU in tretjih držav ter z drugimi mednarodnimi organi s področja veterinarstva kot so OIE, WTO, FAO in WHO. Sektor tudi sodeluje in koordinira mednarodne projekte na svojih področjih dela.