Sektor za zdravstveno varstvo in zaščito živali opravlja naloge, ki se nanašajo na:

1. spremljanje in pripravo podzakonskih predpisov s področja zaščite živali

2. vodenje predpisanih evidenc, priprava poročil

3. izdajanje odločb in vodenje evidence o izdanih odločbah za opravljanje poskusov na živalih

4. sodelovanje in odločanje v organih Evropske skupnosti na področju zaščite živali

5. sodelovanje z resornim ministrstvom in ostalimi ministrstvi ter službami

6. sodelovanje v medresorskih skupinah za izvedbo zaščite živali

7. sodelovanje z mednarodnimi organizacijami in v Svetu Evrope za zaščito živali

8. izvajanje registracije objektov za zaščito živali

9. priprava programov izobraževanj na temo zaščite živali

10. izvajanje inšpekcijskega nadzora nad zaščito živali med prevozom; v ta namen je bila v okviru sektorja ustanovljena mobilna enota za zaščito živali

11. spremljanje delovanja veterinarskih organizacij s področja zaščite živali

12. koordinacija dela uradnih veterinarjev za zaščito živali na OU VURS.

Oddelek za zdravstveno varstvo živali opravlja naloge, ki se nanašajo na:

- spremljanje in pripravo predpisov s področja zdravstvenega varstva in reprodukcije živali;

- pripravo načrtov za izkoreninjenje določenih kužnih bolezni;

- pripravo načrtov rednega spremljanja kužnih bolezni v državi;

- spremljanje gibanja živalskih kužnih bolezni v državi in tujini in obveščanje vseh zainteresiranih doma in v tujini;

- priprava mesečnih in letnih poročil o gibanju živalskih kužnih bolezni v državi;

- proučevanje epizootioloških razmer v državi in usklajevanje ukrepov za preprečevanje širjenja živalskih kužnih bolezni;

- spremljanje dela osemenjevalnih središč in distribucije živalskega semena;

- sistematično spremljanje zdravstvenega stanja in sposobnosti oplojevanja plemenjakov, zdravstvene ustreznosti živalskega semena, jajčnih celic in zarodkov;

- koordiniranje dela komisije za reprodukcijo domačih živali;

- spremljanje in proučevanje problematike reprodukcije domačih živali in predlaganje ukrepov;

- vodenje predpisanih evidenc in priprava poročil;

- zagotavljanje pogojev za promet in trgovanje z živalmi;

- sodelovanje in odločanje v organih Evropske skupnosti na področju zdravstvenega varstva živali;

- sodelovanje z resornim ministrstvom in ostalimi ministrstvi ter službami;

- sodelovanje z mednarodnimi organizacijami z delovnega področja;

- zagotavljanje priprav za obrambo in zaščito ter delovanje veterinarske službe v vojni ali ob naravnih in drugih nesrečah ter v izrednem stanju;

- sodelovanje in izvajanje veterinarskega izobraževanja imetnikov živali in prebivalstva;

- priprava dolgoročnih programov zdravstvenega varstva;

- priprava načrtov ukrepov v primeru izbruha bolezni in koordinacija izvajanja ukrepov;

- spremljanje delovanja veterinarskih organizacij s področja zdravstvenega varstva živali;

- koordinacija dela uradnih veterinarjev za zdravstveno varstvo živali na OU VURS.